Полость рта - место обитания множества микроорганизмов. Даже в норме там существует сложившаяся экосистема из огромного числа всевозможных микробов, грибов и даже простейших. И пока эта экосистема находится в состоянии равновесия - мы ее не замечаем и никаких проблем не испытываем. Это нормально.